Kathedrale koor
Alle deelkoren van het Muziekinstituut vormen samen het Kathedrale Koor en is ruim 100 personen groot. Het Kathedrale Koor zingt gemiddeld een keer per maand en met de grote feesten als Kerstmis, Pasen en Pinksteren. Ook bij belangrijke bisdomvieringen en grote concerten wordt dit koor in volle omvang ingezet. Het repertoir van dit koor is breed en eeuwen van kerkmuziek zijn er in vertegenwoordigd. Vooral grote werken met orgel worden graag ten gehore gebracht, zoals missen van Vierne en Widor, werken van Andriessen en Strategier en uiteraard van Jan Valkestijn die Magister Cantus van het Muziekinstituut is geweest en veel werken voor het Kathedrale Koor heeft gecomponeerd.
Bavocantorij
Dit uit ruim 35 leden bestaande koor is geselecteerd uit de senioren meisjes en mannen van het Kathedrale Koor. Zij zingen regelmatig binnen en buiten de Kathedraal. Zo begeleiden zij de Bisschop bij vieringen in het land (Nationaal Militair Requiem) of verzorgen op uitnodiging concerten en evensongs. Dit koor streeft er naar op een zo hoog mogelijk niveau te zingen en slaagt daar ook in gelet op complimenten van bijvoorbeeld de dirigent van het beroemde St. Johns College Choir, waar zij in december 2009 een kerstconcert mee hebben verzorgd. In de herfst van ieder jaar gaat de Bavocantorij het liefst op tournee naar Engeland en het zijn graag geziene gasten in o.a. Cambridge, Peterborough, Ely en Lincoln. Het repertoir van dit koor is breed en indrukwekkend. Hoogtepunt is ieder jaar de verzorging van het Festival of Nine Lessons and Carols op 23 december in de Kathedraal. Een volle kerk weet dan telkens weer te genieten van prachtige carols. Maar ook de Lamentations die ieder jaar door het koor gezongen worden op Goede vrijdag weet de muzikale fijnproever te waarderen.
Mannenkoor
Het Muziekinstituut is trots op haar goede mannenkoor, bestaande uit meest doorgestroomde leden van de Koorschool. Naast hun grote kunde op het gebied van het gregoriaans, zingen de mannen ook met enige regelmaat meerstemmige werken van de Klerk, de Victoria en Mundy. Zij verzorgen met enige regelmaat de Hoogmis in de Kathedraal.
Jongenskoor
De 25 jongens die deel uitmaken van het Muziekinstituut zingen ook regelmatig zelfstandig tijdens de Hoogmis in de Kathedraal. Zij vertegenwoordigen de typische jongenssound die gekenmerkt wordt door een hoge mate van zuiverheid. Zij zingen één- of meerstemmige werken die heel geschikt zijn voor jongensstemmen, zoals de Christ Church Mass van Archer, maar ook intieme motetten van bijvoorbeeld Stanford, Ridout of Holman.
Meisjescantorij
De Meisjescantorij bestaat uit alle meisjes die hun onderwijs genieten op de Koorschool en de eerstejaars seniorenmeisjes. Zij zingen regelmatig in de Kathedraal en laten hun vocale kunde los op werken van Fauré (Messe Basse), maar ook indrukwekkende motetten van Mendelssohn en Frank, speciaal geschikt om één of meerstemmig uit te voeren. Deze flinke groep meisjes heeft een eigen geluid ontwikkeld en vult met gemak de grote Kathedraal.
Capella Puellarum
Deze groep van ongeveer 12 geselecteerde senioren meisjes zien het als een uitdaging om ingewikkelde, maar mooie werken te zingen van o.a. Britten, Boyce en Barratt. De meisjes die aan de Capella verbonden zijn hebben al een flinke staat van dienst binnen het Muziekinstituut en kunnen de wat ingewikkelder werken dus heel goed aan. Naast het regelmatig verzorgen van de Hoogmis in de Kathedraal, zingt de Capella ook op uitnodiging bij meer profane gelegenheden, zoals concerten e.d. Naast liturgisch repertoir heeft deze groep ook het nodige profane werk te bieden, zoals o.a. een bewerking van het bekende Halleluia van Leonard Cohen waar Lisa Lois de X Factor mee gewonnen heeft.
Schoolkoor
Het Schoolkoor bestaat uit alle kinderen uit de groepen vijf t/m acht van de Koorschool. Zij worden met enige regelmaat ingezet voor kleine concerten met een profaan karakter. Zo zingen zij jaarlijks tijdens het Korenlint op de Open Monumentendag in Haarlem, maar verzorgen ook kerstconcerten, bijvoorbeeld in het Academisch Medisch Centrum in Amsterdam of dichterbij huis in het hofje van Codde en Beresteijn te Haarlem.
Soloklas
In de soloklas worden kinderen met een bijzondere stem gevolgd en getraind om als solist ingezet te kunnen worden. Dat kan zijn tijdens uit te voeren werken in de Kathedraal, maar ook op verzoek bij andere koren die kinderstemmen nodig hebben. Zo hebben recent twee jongens uit de soloklas met succes geauditeerd bij de Nederlandse Opera voor de productie “Heksen in Venetië”.